Gli scienziati del Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) hanno sviluppato il primo analizzatore di sequenze genomiche mobile al mondo, una nuova app per iPhone chiamata iGenomics. Associando un iPhone a un sequenziatore di DNA portatile , gli utenti possono creare un laboratorio di genetica mobile, che ricorda il “tricorder” di Star Trek.
L’app iGenomics funziona interamente sul dispositivo iOS, riducendo la necessità di laptop o apparecchiature di grandi dimensioni sul campo, il che è utile per chi lavora a stretto contatto con la pandemia e nel campo dell’ecologia. Aspyn Palatnick ha programmato iGenomics nel laboratorio del professore Michael Schatz, per un periodo di otto anni, a partire da quando era uno stagista di scuola superiore.
Studiare il genoma in zone remote ora è possibile
L’app per iPhone è stata sviluppata per integrare i minuscoli dispositivi di sequenziamento del DNA realizzati da Oxford Nanopore. Palatnick, ora ingegnere software di Facebook, aveva già esperienza nella creazione di app per iPhone quando si è unito al laboratorio Schatz. Il professore ha riconosciuto che gli scienziati che studiano le pandemie volavano con valigie piene di nanopori, laptop e altri server per analizzare il DNA in campi remoti. iGenomics aiuta a rendere gli studi sul genoma più portabili, accessibili e convenienti.
Gli utenti possono sequenziare i dati tra loro tramite AirDrop, consentendo l’analisi del DNA nelle località più remote, anche quelle senza accesso a Internet. iGenomics potrebbe presto persino trovare la sua strada nelle mani degli astronauti. Nella rivista Gigascience, Palatnick e Schatz riferiscono che l’algoritmo iGenomics può mappare rapidamente sequenze di DNA di patogeni virali, come un virus influenzale o un virus Zika, e identificare mutazioni importanti per la diagnosi e il trattamento. Forniscono anche un tutorial online per analizzare altri genomi virali, ad esempio da un paziente SARS-CoV-2.
Ph. Credit: Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL)
